数码世界再一次被拯救，而拯救世界的英雄们低调地回到了他们的世界。对于八神太一他们来说，这段旅程持续了将近一年的时间，让他们身心俱疲，但对他们的家人而言却只是从凌晨到了中午。当他们看到天空上自己的孩子与启示录兽战斗，并且获得了胜利之时，心中应该是慢慢地欣慰和自豪吧。
不过同在东京，另一个人却不是这样想的。一个右眼角下有着闪电标志的白发少年，站在东京铁塔的露台上注视着天穹之上被选召的孩子们与启示录兽的战斗。
“虽然不知道当年究竟发生了什么事情，但那的确是八神太一没错吧！”白发少年喃喃自语道。
豪华客房里，一个娇俏少女走了出来，只是她行走并不是用双脚，而是坐在轮椅上。“哥哥，这个世界到底怎么了？这样可怕的事情……是上天对人类的报复吗？”
“上天！？”白发少年转身，满脸嘲讽，“我亲爱的妹妹啊，你就是太相信这些乌七八糟的东西了。再这样下去你就要变成一个只会哭泣的小女人了！”少年莫名的烦躁起来，以至于控制不住地对着妹妹发泄出来。
因为这个妹妹……其实不是他的妹妹，或者说不是他所认识的那个妹妹。他所认识的那个妹妹，真名彩羽丽，因为车祸而坐上轮椅。某一天，她被一种叫做“数码jing神”的东西带到了数码世界，遇到了一个号称“胜率100%”的驯兽师，那个驯兽师，叫做八神太一！！！
而他，彩羽丽的哥哥，彩羽尼奥，是在D－1大赛中和八神太一打成平手的最强驯兽师，那也是他唯一的污点，他为此耿耿于怀。因为最强之名，他同样被选召到数码世界。只不过选召他的是七魔王之一的究极魔兽！而他的搭档数码宝贝就是超究极体阿卡迪兽！
彩羽尼奥试图主宰数码世界，并重新改写世界的规则，让彩羽丽能够站起来。但彩羽丽偏偏投入了八神太一的阵营。另外插一句，选召八神太一进入数码世界的正是巴达兽的“前世”神圣天使兽，神圣天使兽就是两度重伤于彩羽尼奥和阿卡迪兽之手。
那个时候数码世界由神圣天使兽统治，文件夹小岛也还不是岛，而是广袤的文件夹大陆。这似乎可以说明为什么在启示录兽毁灭世界后最先恢复的就是文件夹小岛。
就在彩羽尼奥与八神太一的对决到达最关键的时候，超越时空的波动发生了，世界仿佛湮灭了一般。彩羽尼奥不知道那是陆峰穿越所引起的平行空间合一时的剧烈时空动荡，因为八神太一同时出现在了两个平行空间中，且时间、地点、世界规则皆不对等。因此为保留主要的世界，彩羽尼奥所在的平行空间被“和谐”掉了。
凭着阿卡迪兽超越时空的能力，彩羽尼奥在时空动荡中保住了自己，然后就发现自己来到了这个即熟悉又陌生的世界。他的妹妹还在，但却不记得有数码世界之旅，他的对手还在，却根本不认识他，和他记忆中的那个人更是相去甚远。