高燚留周仓带领万人留守嵩山经营，自己则带领孙坚颜良文丑典韦赵云等人引两万人北上，此时洛阳残余宦官惧怕高燚入城害其性命，因此欲结连驻军函谷关的董卓，不料洛阳城内袁绍先发制人，带三千子弟兵以清君侧之名，攻入皇宫，大肆屠杀，宦官眼见图存无望，便挟持皇帝刘辩与陈留王刘协并太皇太后董氏出逃，一时之间，洛阳内外一片混乱。
高燚得知此事，马不停蹄便带领精锐人马，抢先进攻孟津与小平津，救下了董太后和陈留王刘协，却不料被董卓派牛辅与徐荣占了先机，将两座关卡据为己有，并连接河东匈奴及鲜卑人马，与高燚在河南一带对峙，并分精兵向虎牢、汜水一线，以图歼灭高燚先头部队。
此时丁原趁机出兵于乱军之中救下了天子刘辩，为免董卓威胁到自身实力，不惜将防卫北方的并州人马也调集到河南来，高燚劝说丁原不要与董卓开战但遭拒绝，高燚这才知道丁原也有专权之心，心下失望之余，却被迫调兵配合丁原作战。
董卓与丁原交手，虽然挫败，但实力未损，而为了分化丁原实力，董卓命李肃以赤兔马为礼游说吕布，暗地却又派人前去刺杀丁原，将罪名安插到吕布头上，丁原含恨而死，死前依旧寄希望于吕布能够完成遗愿，吕布领并州众将归顺董卓，张辽则是趁机率部护卫万年公主吟风到了高燚之处。
虽有张辽相助，高燚还是难敌董卓大军，无奈只得暂时收缩战线，将人马屯驻于汜水，同时授命徐庶联结丘力居拿下孟津，成功将董卓主力分断，使其首尾不得呼应。
董卓得知大怒，改变原先策略，命胡轸率领三万大军在汜水牵制高燚，自己则是从别处进了洛阳，有天子在手，大事小情无不亲自决断，高燚则是趁机联合诸将，在汜水将胡轸大军击破，更是力斩华雄，结果了这个宿敌。
其后高燚自料董卓不敢对自己如何，只与赵云典韦入洛阳接受谏议大夫之位，实则是开始与洛阳城内的玲珑阁与英雄楼联手，在董卓废立不就欲加害何太后母子之际，将少帝救出，安置于南阳，以待日后大用。
对于高燚，董卓一直都在试图拉拢，高燚知道董卓心思，也利用这一点，在董卓军中渗透自己的力量，甚至策反了董卓女婿牛辅与大将樊稠，董卓察觉端倪，待要召回在弘农的牛辅，不料此时山东十几路郡守刺史州牧于酸枣会盟，黑山军也与白波军在河东河内弘农大肆起事，甚至马腾韩遂也带兵在董卓后方骚扰。
董卓知道其已经是失去民心支持，只得收兵迁都长安，并将洛阳洗劫一空，而不知死期已至，被吕布与陈到里应外合，击杀于前往长安的路上。
消息传到长安，百官纷纷庆贺，王允却背叛与高燚事先的约定，独自在长安专权，不听忠告，并拒绝董卓余党来投，甚至险些诛杀为董卓哭丧的蔡邕，高燚在南阳鞭长莫及，待到反应过来之时，王允已经死难，长安为董卓余党占据，把持朝政。