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有明以来，东藩就从来没有归属过明朝版图。
这是有据可查的。
明朝的势力版图向东仅止于澎湖群岛。
明朝前后在澎湖设立三次澎湖巡检司，但都是设了废，废了再撤，原因无它，这在于明太祖的“皇明祖训”，它上面明确对外宣布，将海外十五个国家列为“不征之国”，其中就包括“小流求国”和“大琉球国”。
其中大琉球国，与明朝往来频繁，可以称为明之藩国。
大琉球国，一年里不间断前来朝贡，大明也没亏待他们，但凡大琉球的王子及陪臣之子，皆入太学读书，礼待甚厚。
而小琉球国（也就是东藩岛），因为从来就不存在过国家，所以向来不通往来，自然也不曾朝贡了。
朱元璋认为这十五国，基本上没有征伐的价值，毕竟当时是种植业，只有可以种田的土地，才是大明需要的土地嘛。
所以，在明之前，澎湖做为华夏土地纳入版图的，最早是宋朝。
当时，宋朝官员汪大猷派军民屯戍澎湖，称澎湖为“平湖”，隶晋江县。由此，正式宣告了澎湖的归属。
元朝建立后，正式设置了澎湖巡检司。但一样止步于澎湖，对东藩岛没有任何兴趣。
终于到了老朱建立明朝了，它继承了元朝的澎湖巡检司。
但老朱更令人无语，仅五年，就撤消了澎湖巡检司，《皇明世法录》记载：“我朝信国，以岛中余民，叛服难谌，故徙之以实内，湖中虚无人矣。”
也就是说，朱元璋认为海上的百姓难以统治，于是将澎湖群岛的百姓全部迁徙到内地，使得澎湖群岛成为了荒岛。
实行该政策，其实是为了配合海禁。
官府衙门撤了，官兵也撤了，谁最高兴？当然是海盗。
天高皇帝远，澎湖群岛等自此成为海盗的基地。
直到嘉靖年间，澎湖群岛的居民又开始增加，加上海盗闹得确实不象话，不时地侵扰内地，明朝决定重设澎湖巡检司，隶属同安，加以统治和控制。
可惜，才一年多，朝廷又撤销了澎湖巡检司。
理由还是同一个，海天相隔，劳民伤财，弃之！
直到万历年间，倭寇侵扰沿海，朝廷为防倭寇，再设澎湖游兵。
但这次明朝对澎湖的管辖十分薄弱，福建巡抚黄承玄在上疏中写道，澎湖游兵，有守之名，无守之实矣。
直到天启五年，荷兰人入侵澎湖，明朝被迫增加军队，筑城于澎湖，设游击一，把总二，统兵三千，筑炮台以守。