吴有性等人遵从朱由检的嘱咐，在整个解剖过程中，从不同年龄段和性别的遗体中，选取标本后绘制了不同剖面的人体结构图，以供将来讲授时使用，这个举动也是具有划时代意义的。
发生在南京的这次大规模肃清事件，是自太祖太宗之后两百年来大明仅见的重大事件，其影响之深远和广泛，远超朱由检最初的设想。
肃清行动结束之后，正值衙门开衙之时，诸多衙门中的官吏们抱着幸存者的心态，战战兢兢地点卯应值，生怕一不小心被上官寻着错漏后当众立威。
因为崇祯十二年开始的第一天，很多署衙中就缺失了不少众人熟悉的面孔。
同在本地的官吏们都清楚，那些人已经从这个世界上彻底消失了。
大家心里都明白，这些人都是平时仗着有当地的大靠山撑腰，对大老爷的指令阳奉阴违之人，这次却被看上去软弱可欺的大老爷借机连根拔起了。
血淋淋的现实摆在众人面前，以后如何应差，一些原先自视甚高之人心里都有数了。
紧密团结在大老爷周围，这是唯一的出路。
本着趁热打铁的原则，在一众署衙上值当日，卢象升以钦差的身份发布命令：即日起，江苏行省清丈田亩工作全面铺开，各地官府务必与两个月之内清丈完毕，士绅一体纳粮自今年夏收正式开启。
事情的进展并没有出人意料，各地官府在经过几天的准备工作后，立即对下辖官绅以及士绅大户的田地开始进行清丈。
官差所到之处，这些原先从不把朝廷和官府放在眼中的大老爷们，无不是乖乖地将府中田契尽数奉上，并且安排府中管事仆从头前带路，生怕慢上一步后被随同监视的锦衣卫给扣上什么罪名。
在兔死狐悲的同时，江南的士绅们终于彻底害怕了。
在刀枪面前，从前的种种手段都显得苍白无力。大明的天变了，如果再不识时务，怕是眼前的荣华富贵眨眼间烟消云散。
南京事件让孙传庭主持的浙江新政也开展的异常顺利。
身处南京的东林党核心骨干被全部摧毁，这让以士绅大户为主体的杭嘉湖一带瞬间失声。
没有人敢出面为南京官绅们喊冤，也没有读书人上街抗议，浙江的新政便在这种沉闷而诡异的气氛中正式铺开了，过程与南京一般无二。
士绅一体纳粮新政的顺利开展被孙、卢遣人飞报京师。
此举意味着，处于半自立状态近两百年的江南地区，自崇祯十二年起，完全归属于大明朝廷治下。
在议定了新政执行中可能产生的问题，以及如何预防惩治的策略之后，朱由检宣布，会商结束后，内阁要考虑全面禁止土地兼并的行为，在制订出相关文件后呈报宫中。