嘉庆行围之后，也南下回到了承德避暑山庄。阮元又在承德住了数日，其间嘉庆几乎每隔一日，便要阮元入对一次，阮元也将浙江政事尽数向嘉庆禀明。这一日想着浙江之事已然上报完毕，便向嘉庆提出南归，谁知嘉庆却道：
“阮元，这几日听你讲浙江政事，你办得都不错。若是朕身边也多几个你这样尽心职守，又有素有除弊之策的能臣，该有多好啊？也罢，你回去了，才好办事。不过朕这里另有一事，想听听你的意见，你北上之时，可见黄河河口淤塞，清口洪水不止，漕船窒碍难行？”
“皇上圣明，清江浦的情况，确如皇上所言，黄河水平地溢出数丈，漕船一时不能通行，听闻当时河督已然前往挑挖河口，却不知现下如何。”阮元道。所谓“清口”指的是清代黄河、淮河交汇之处，明清两朝在该处设立清江浦镇，后改为清河县县治，亦是清中叶最为繁盛的城镇之一。
“是吗，朕前日接到奏报，河口疏浚尚需半月功夫，看来这漕船抵京，最快也要九月了。”嘉庆也有些无可奈何，叹道：“朕问过你这一科的其他进士，当时会试便有一题涉及治河，却不知这河漕之事，你可有自己的看法？”
“回皇上，臣在河道之时不多，也从未参与漕运之事，如此应答皇上，只恐筹划不周，反而误了大事。”阮元道。
“你若能回杭州之后，对此事多加分析也好，切不可空言不知，竟对此不管不顾。”看起来，嘉庆似乎是对其他大臣有些不满，竟对阮元也一并严厉了起来。可随后嘉庆又问道：“不过，朕这几年力求直言，虽说上言之人尚不及朕意，却也有不少。朝廷里的给事中萧芝，平日进谏最多，他前日上了一道奏疏，大体内容是既然漕运一时不通，可否让浙江再行采买些粮食，之后走海路运送到京城，这样可补漕运之不足，若是漕运再有如此窒碍，京城也不致缺粮。你正是浙江巡抚，朕也想听听你的意见。”
“皇上，若如此说来，臣以为萧给谏采买之策，其实难行，但若是分出部分漕粮，改走海路，似乎亦有可行之道。”阮元沉思半晌，道：“如今浙江账目，只是初有起色，新账虽说无缺，旧账却刚刚开始赔补，更兼蔡逆复叛，或许海上也要用钱。如此收支现状，若再行采买粮食进送京城，更是难以承受，而且海道运粮，也需要足够坚固的海船，国朝百年未有海道运粮之事，自然也没有现成的海船去运粮食，或许只能向商人征收粮船，这不仅需要开支，更需时日筹集。是以买粮北运，臣以为浙江眼下实无余力。但海运漕粮，或许是个办法，眼下浙江商人来往辽东的海船亦自不少，这样看来，若能依式打造大船，分出部分漕粮依海道北上，并非全不可行，只是……只是海运之事，所涉细务犹多，臣不敢妄下定论，还请皇上给臣些时日，臣可将先代海运之事取来看过，或许会有些裨益之处呢？”
“依你所言，这萧芝之言，是难以实行了。那朕将其中之事一一与他言明，驳了便是。但海运究竟是否可行，既然你已经这样说了，那朕也多许你些时日……就明年吧，明年年末，你将海运之策议定之后，再交给朕，今年漕运如此困顿，朕也不能不多想些办法了。”阮元见嘉庆许诺，也连称遵旨，眼看再无其他要事，便即退下了。