2013年1月16日德甲豪门拜仁慕尼黑在其官网上宣布，前巴萨主教练瓜迪奥拉将从2013-14赛季正式担任球队主教练。
2013年7月21日瓜迪奥拉率领的拜仁慕尼黑队以五比一战胜门兴格拉德巴赫队，夺得冠军，捧得德国电信杯。2013年07月25日瓜迪奥拉率领拜仁2-0击败巴塞罗那，夺得赫内斯杯冠军。2013年08月03日瓜迪奥拉率队拜仁二比一战胜曼城获得奥迪杯冠军。2013年8月31日瓜迪奥拉率领拜仁与拉齐奥一百二十分钟战成二比二，比赛进入点球大战。在点球大战中，拜仁五罚全中夺得2013年的欧洲超级杯冠军。2013年12月22日瓜迪奥拉率领拜仁击败东道主卡萨布兰卡，夺得第十届世俱杯冠军。
可以说张卫和他都是这个赛季中最耀眼的教练，而相比之下他的战绩好像强于张卫，所以能不能过得去他这一关才是张卫面临的最大考验。
瓜迪奥拉主张防守压迫、利用球场宽度进攻、善用定位球等打法特点更加鲜明，从而让队伍变得更加灵活果敢，培养了团队精神。在比赛中全面的能力还能从战术变化上体现，球队可以顺畅地从343变阵为433，不论对手是谁。他也是个一丝不苟的教练，注重最微小的细节。瓜迪奥拉把刻苦精神和个人牺牲放在了首位，对球队的每一步都有着明确的计划，一切都要在掌握之中，在战术方面，力争做到完美无缺，瓜迪奥拉每场比赛前都认真研究录像，从不考虑下一场比赛之外的事。瓜迪奥拉是个聪明的激励者，让每个球员发挥出最佳实力。
同时瓜迪奥拉进取心强，而且拥有犀利的战术意识。在球场外他用清晰、明了的方式向球员传输自己的战术思想；在比赛过程中，他也能让球员精确执行自己的意图，简直就是张卫的另外一个版本，他们之间相比较真的有点太像了。
而拜仁慕尼黑的球员储备也要比马赛强了不知道多少倍，以前的巴塞罗那也许只有一群天才球员，可他们的身体素质并不出色，可现在的拜仁却有着完全不一样的东西，应该说这支球队当中并不缺乏技术天才，而且更多都是身体素质强大的天才，这一点已经远远的超越了巴萨。
他们的主力门将是诺伊尔，2001年3月1日诺伊尔加盟沙尔克04足球俱乐部，经历了沙尔克04每一年龄级别的赛事，2004年入选沙尔克04二队，2005年诺伊尔与沙尔克04签订了职业合同，并且在2005-06赛季的德甲参赛名单中位列第三号门将。他在2005-06赛季曾两次入选替补阵容，其余时间则主要代表二队参加德国足球高级联赛，2006-07赛季逐渐取代球队队长弗兰克・罗斯特成为主力门将，罗斯特随后转投汉堡足球俱乐部。
2006年年初诺伊尔被评为盖尔森基兴市年度最佳运动员，此前还曾赢得过弗里茨-瓦尔特奖。2006年8月19日2006-07赛季德甲第二轮客场对阵亚琛队，由于主力门将罗斯特小腿受伤，诺伊尔迎来个人职业比赛处子秀，帮助沙尔克04客场一比零胜亚琛队，从第十轮主场二比二战平拜仁慕尼黑一战开始，诺伊尔彻底取代罗斯特成为沙尔克04一号门将。