就在新军如火如荼的研制生产更多更好火器的同时，辽东局势却愈发的紧张起来，毛文龙被杀之后，袁崇焕进行了一系列的布防调整，将关宁军全线收缩到宁锦防线，加强了宁锦防线的防御，赵率教依然是蓟镇总兵，率领五万兵马镇守蓟州，防守京师的北大门，但是蓟州地广，长城防线在蓟州的那一段需要防守的地方又多，古北口到喜峰口的这一段都是赵率教的防区，虽然五万兵马看起来很多，可是实际分配下去，在每个防守点的兵力却是捉襟见肘，这也就是袁崇焕担心的原因，如果一个点的兵马少了，不能起到防御的作用，如果多了势必又要从其他地方抽调兵马，赵率教就五万人，拆东墙补西墙的话会导致长城防线漏洞百出，所以他一再请饷，要求增加兵力，或者改善军备，增强长城防线的战斗力，可是折子递上去石沉大海，大明国库现在确实是无银了。
另一方面他最近收到了埋伏在金国境内的哨探的密报，说从七八月份开始，金国境内兵马调动频繁，八旗兵似乎在整训，皇太极还抽调勇士赐予纯白铠甲组建了巴牙喇营和葛布什贤超哈营，袁崇焕明白，金国闹这么大动静肯定是近期就会有军事行动，可是他们的目标是哪里呢？随后哨探又是来报，金国有大量的骑兵奔赴蒙古，袁崇焕最初的判断是金国的目标是蒙古，大量的骑兵哨探前往蒙古，也符合皇太极近期的方略，袁崇焕不是傻子，从去年开始皇太极就不断远交近攻征伐蒙古各部，并且确定了满蒙联姻的国策，对于蒙古各部那是连消带打，一时间收服了不少蒙古部落，这对袁崇焕来说并不是一个好消息，一旦皇太极完成了征服蒙古的大业，那么无数的蒙古骑兵就会听他调遣，八旗兵现在不过六万余人已经让明军非常头疼了，如果算上蒙古的数十万大军，恐怕边关战事就很难了。
另外从崇祯元年开始，林丹汗就不断攻击草原右翼诸部，本来大明朝廷倒是想的很好，希望可以利用右翼诸部的力量跟林丹汗拼消耗，所以不断的支援右翼诸部武器铠甲，奈何这些右翼北虏实在是不争气，竟然在得到大明支援的情况下连几个月都挺不住，到年中林丹汗就挥师秋风扫落叶之势击溃了驻牧于宣府外元上都故地的哈喇慎部和定居于归化城的土默特部，很快在右翼立足。经过数次战役，林丹汗在年底平定右翼地区，驱逐了顺义王卜失兔（土默特俺答汗之孙），并废除了济农额璘臣，济农是达延汗所设置的代表大汗管理右翼的世袭官职，驻鄂尔多斯，到林丹汗时已实际独立，结果右翼残部相继归附后金。
这就造成了林丹汗和后金的对立，袁崇焕知道本来林丹汗就以成吉思汗的名义自居，他做梦想的都是恢复三百多年前成吉思汗的荣光，所以他和大明还有金国的关系都不好，只是迫于自己的实力比较弱小才会和大明时而结盟对抗金兵，但其实林丹汗就是个狼子野心的家伙，崇祯元年平定了右翼诸部之后立刻挥师从西北方向突入长城，一直打到了大同。
谷应泰的明史纪事本末记载，“元年中，漠北林丹汗引兵突入关防，取大同，未下，遂略周边，杀军民数万人，哀鸿遍野。”从这些文字中可以看出林丹汗的破坏力之大。既然金兵也在拉拢分化蒙古，那么必然的会跟做梦都想统一蒙古的林丹汗发生冲突，所以袁崇焕根据这两年皇太极的策略分析，近期可能八旗要对蒙古再次用兵，但他们的目的地是哪里呢，袁崇焕对着墙上挂着的辽东漠北全图眉头紧锁的思考起来。