第二天，袁崇焕用上好的楠木棺材收敛了毛文龙的尸体。并且当着万余将士的面，宣布了昨天的事情。袁崇焕久在辽东，积威甚重，将士们都敬畏他。特别是现在是双岛，在袁崇焕的地盘内，所以斩杀毛文龙并未引起太大的波动。
袁崇焕将楠木棺材摆在大校场的正中央，搭建了简易的灵堂，朝着万余将士和毛文龙的余部饱含深情的说道：“毛帅，老哥，小弟昨天杀你，是不能不顾朝廷的法律，你我皆为朝廷命官，做官第一要务就是遵纪守法，如果连我们都不能带头表率，怎能指望将士们军纪严明呢？但我今天要祭奠你，对于我来说除掉你总兵的身份，你是我的兄长，也是我的朋友，我在这里给你准备了上好的京师女儿红，请你畅饮！”
说罢，将手中的酒瓶打开，将酒倒在棺木周围，然后扶棺大恸，颇有些诸葛亮哭周瑜的味道，情之深意之切，在场的万余将士无不落泪，毛文龙的部将更是哭的上气不接下气，这些人一是在哭毛文龙，二是在哭自己，毕竟毛文龙一死，皮岛群龙无首，自己以后何去何从呢，众人前途未卜，眼泪倒是真的，一时间万余将士哭声震天。
紧接着，袁崇焕安排毛文龙余部乘船，自己也领精兵三千和福建水师舰队一起返回皮岛，手持尚方宝剑当中宣读了对皮岛众人的处置，皮岛留守的毛承祚，陈继盛等人得知大帅身死的消息之后大吃一惊，但是袁崇焕三千精兵很快控制住了局面，毛承祚就是有心造反，也不敢轻举妄动，随即袁崇焕恩威并施，好好的展示了一番督师的手段，赦免了皮岛众人的罪过，并且将他们官升一级，保举毛文龙的儿子继任东江副总兵的位子。毛承祚猛然升到副总兵高位，虽然老爹被袁崇焕斩了，但是心下喜不自胜。
袁崇焕将毛文龙在皮岛的两万兵马分成四协，将毛承祚，陈继盛，徐敷奏，刘光祚分别作为每一协的首领，毛文龙本身有天启皇帝御赐的尚方宝剑和敕印，也被袁崇焕收回，然后交给毛承祚和陈继盛保管，又将岛上的军民全部聚集到一起，宣读了废除毛文龙苛政和实施朝廷新政的政策，并且将随船带来的十万两白银分发给岛上的居民，这一举动也赢得了民心。暂时是将岛上的局势完全稳定住了，可是也留下了巨大的隐患，从此以后，皮岛军民不再是一块铁板，而是分成了四块，互相不统属，陈继盛和毛承祚同为副总兵，也为日后谁也不服谁，谁也不听谁的事情埋下了隐患。
回到了锦州，袁崇焕立刻将此事写成奏折，飞马直报京师，崇祯皇帝接到奏折之后大为光火，将韩爌招到养心殿，王承恩将袁崇焕的奏折递到韩爌手上，韩爌一目十行的扫视一遍。崇祯怒道：“袁崇焕这个混账，朕赐给他尚方宝剑，临行之前千叮咛万嘱咐，让他就算是对毛文龙不满，也要将其抓捕押解京师，由朕组织三司问罪，他可倒好，直接把毛文龙斩了，毛文龙是一品左都督，说起来官不比袁崇焕小，他这么擅自作为，将朕置于何地，如果逼得毛文龙旧部造反，这个责任他担待的起吗？辽事如果因此败坏，朕就剐了袁崇焕。”
韩爌看完了奏折心想，这个袁崇焕行事太过放肆，竟然擅自做主斩杀一品大员，当今圣上生性多疑，你这么大张旗鼓的干，有将辽东二十万大军变成袁家军的可能，这是皇上绝对不能容忍的，但袁崇焕确实是个将才，从宁远大捷和东南大捷可以看出此人领兵卓有成效，在此多事之秋，还是不动他为好。